Berkay Ustabaş 5 Ocak 2018’de, Berkin Elvan’ın 11 Mart 2014’teki cenazesine katılmak suçlamasıyla tutuklandı. Ustabaş önce Metris Cezaevi’ne, buradan da Silivri 9 No’lu Kapalı Cezaevi’ne sevk edildi. 23 Ocak’ta Kırıkkale F Tipi Kapalı Cezaevi’ne nakledilen Ustabaş’a burada işkence yapıldığı iddia edildi. Avukatlarının iddiasına göre Ustabaş, cezaevinde karanlık bir odaya alındı ve kendisine 20 dakika boyunca işkence yapıldı. CHP İzmir Milletvekili Zeynep Altıok Akatlı, Meclis İnsan Haklarını İnceleme Komisyonu’na konuya ilişkin verdiği dilekçede, işkencenin araştırılması ve gereğinin yapılmasını talep etti.
Ustabaş hakkında İstanbul 5. Sulh Ceza Hakimliği’nce hazırlanan iddianamede “örgüt üyeliği” ve “kanuna aykırı toplantı ve gösteri yürüyüşü düzenleme” suçlamaları yer aldı. Evi basıldığı sırada bulunan şiirli bir poster, suç unsuru olarak iddianameye girdi. Mahkemede Ustabaş’a, Berkin Elvan’ın cenazesinin akşamında nerede olduğu ve “Berkin’in hesabı sorulacak” pankartı sorulurken, sorgu zaptında başka bir pankart yer aldı.
